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CHERCHEUR H/F - H/F - Inserm

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Full-time
On-site
Toulouse, Occitanie, France

Le poste

Nous recrutons un·e chercheur·e postdoctoral·e expérimenté·e (2-3 ans après la thèse) pour étudier les déterminants cellulaires et moléculaires de l’altération de la régénération épithéliale et de la dysfonction de barrière dans les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI : maladie de Crohn, rectocolite hémorragique) et les troubles métaboliques, avec un focus particulier sur l’obésité.

L’objectif central est de développer et de valider un système microphysiologique d’intestin humain-sur-puce (human gut-on-chip), dérivé de matériel de patients et contrôlé sur le plan environnemental, permettant une interrogation fonctionnelle directe de tissus humains. Au-delà de la modélisation d’une physiopathologie pertinente pour la maladie, la plateforme permettra un phénotypage quantitatif et spécifique au patient des altérations épithéliales (p. ex. dynamique des cellules souches/progénitrices, trajectoires de différenciation, intégrité des jonctions, perméabilité, fermeture/réparation des plaies) et soutiendra une stratification fonctionnelle à visée de médecine personnalisée. In fine, l’intestin-sur-puce constituera un cadre ex vivo pour (i) caractériser les altérations fonctionnelles intestinales propres à chaque patient et (ii) évaluer des réponses individuelles à des ‘drug candidates’, afin de prioriser des stratégies thérapeutiques personnalisées visant à restaurer l’intégrité épithéliale et à favoriser la cicatrisation muqueuse.

Le travail intègre des approches humaines complémentaires, incluant des organoïdes intestinaux et colorectaux dérivés de patients, notre plateforme brevetée de microfluidique « intestin-sur-puce », l’édition fonctionnelle du génome, et l’imagerie 3D à haut contenu.

Research project :

We invite applications for an experienced Postdoctoral Fellow (2–3 years post-PhD) to investigate the cellular and molecular determinants of impaired epithelial regeneration and barrier dysfunction in inflammatory bowel diseases (IBD ; Crohn’s disease, ulcerative colitis) and metabolic disorders, with a specific focus on obesity.The central objective is to engineer and validate an environment-controlled, patient-derived intestine-on-chip (gut-on-chip) microphysiological system enabling direct functional interrogation of human patient material. Beyond modelling disease-relevant physiology, the platform will deliver quantitative, patient-specific phenotyping of epithelial alterations (e.g., stem/progenitor dynamics, differentiation trajectories, junctional integrity, permeability, wound closure/repair) and support functional stratification for personalised medicine. Ultimately, the intestine-on-chip will serve as an ex vivo framework to (i) characterise individual patient alterations and (ii) evaluate patient-specific responses to candidate interventions, enabling prioritisation of personalised therapeutic strategies aimed at restoring epithelial integrity and promoting mucosal healing.The work integrates complementary human-relevant approaches, including patient-derived intestinal and colorectal organoids, our in-house microfluidic intestine-on-chip platform, functional genome editing, and high-content 3D imaging.The successful candidate will combine quantitative phenotyping with mechanistic perturbation to resolve the cellular events and signalling networks underlying defective regeneration and barrier failure in IBD and obesity. Expected outcomes include mechanistically grounded biomarkers and actionable targets, as well as a validated experimental pipeline for patient-centric testing of barrier-restoring and pro-regenerative strategies.

CDD 12 mois, renouvelable 2 fois, en temps plein 38h30 hebdomadaires

Structure d'accueil : Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires - U1297 - Délégation Régionale Occitanie Pyrénées

1 avenue Jean Poulhès - 31432 Toulouse Cedex 4

Directeur d'unité : Dominique Langin

Css de rattachement : 3

Responsable d'équipe : Anne BOULOUMIE





Profil recherché

Activités principales :

  • Travailler sur un programme expérimental intégré sur la dysfonction de barrière et l’altération de la régénération dans les MICI et l’obésité : conception des études, priorisation des hypothèses, mise en œuvre, interprétation et reporting.
  • Établir, cultiver et maintenir des organoïdes et fibroblastes intestinaux et colorectaux humains dérivés de patients (témoins sains, MICI, patients obèses), en garantissant un contrôle qualité rigoureux, la traçabilité et la reproductibilité (donneurs, lignées, passages, lots/batches).
  • Développer et mettre en œuvre des essais fonctionnels quantitatifs de régénération épithéliale et de fonction de barrière (p. ex. cicatrisation, dynamique prolifération/différenciation, adhésion cellulaire, perméabilité et/ou TEER lorsque applicable), avec des plans expérimentaux hiérarchiques appropriés (donneur/lignée/batch).
  • Réaliser des perturbations génétiques fonctionnelles pour interroger des voies candidates (édition CRISPR/Cas9 ; CRISPRi/a selon pertinence ; délivrance génique via systèmes viraux et non viraux), incluant la conception des constructions, leur validation et les readouts phénotypiques.
  • Intégrer les modèles d’organoïdes et fibroblastes dans la plateforme intestin-sur-puce, en contribuant à la mise en place et au fonctionnement du système microphysiologique (stratégies d’ensemencement, contrôle du flux/cisaillement et de l’environnement, workflows d’échantillonnage), en interaction étroite avec un doctorant et des partenaires ingénieurs, et en adaptant les readouts au phénotypage patient-spécifique et aux tests d’interventions.
  • Acquérir et analyser des données d’imagerie 3D à haut contenu (microscopie confocale et light-sheet), incluant la préparation/clarification des échantillons si nécessaire, l’analyse d’images quantitative, et le développement/la maintenance de pipelines robustes pour des métriques structurelles et fonctionnelles.
  • Conduire un profilage moléculaire et cellulaire multi-niveaux des tissus et organoïdes (histologie/immunomarquages, analyses transcriptomiques/protéiques, et approches single-cell selon implémentation) et intégrer ces profils aux phénotypes fonctionnels.
  • Collaborer au sein du consortium PEPR MED-OOC/ENVie pour intégrer les données d’imagerie, fonctionnelles et multi-omiques en vue de la stratification des patients et de l’inférence mécanistique.
  • Assurer une documentation rigoureuse et la reproductibilité (SOP, cahiers de laboratoire électroniques, métadonnées, rapports QC, gestion/curation des données).
  • Présenter les résultats lors de réunions internes et de conférences internationales.
  • Contribuer de manière substantielle à la préparation des manuscrits et, le cas échéant, aux livrables des projets/financements.
  • Appliquer des standards élevés de bonnes pratiques scientifiques, de biosécurité et de conformité aux procédures qualité institutionnelles pour les échantillons humains (traçabilité, contraintes de consentement/éthique, protection des données si applicable).
  • Encadrer et soutenir les chercheurs/étudiants plus juniors selon les besoins (p. ex. doctorants, étudiants de Master).

Savoir-faire :

  • Culture avancée d’organoïdes intestinaux/colorectaux et contrôle qualité : traçabilité, gestion des lots/batches, reproductibilité, standardisation.
  • Développement et mise en œuvre d’essais fonctionnels de barrière/régénération: perméabilité, jonctions serrées, réparation/cicatrisation ; TEER apprécié lorsque applicable.
  • Plans expérimentaux robustes adaptés à des données imbriquées/hiérarchiques (donneur/ligne/batch) et gestion des effets de lot.
  • Biologie moléculaire et cellulaire : immunomarquages, qPCR, analyses protéiques; intérêt/expérience pour des approches multi-niveaux (multi-omics / single-cell selon besoins).
  • Édition du génome et génétique fonctionnelle : CRISPR/Cas9, CRISPRi/a selon pertinence; délivrance génique virale et non virale ; readouts phénotypiques associés.
  • Imagerie 3D haute résolution (confocale, light-sheet) et workflows d’analyse quantitative d’images (outils standards ; scripts appréciés).
  • Intérêt pour les organes-sur-puce / microfluidique et capacité à intégrer des readouts dans des systèmes MPS en interaction avec ingénieurs et doctorants.
  • Documentation et reproductibilité : cahier de laboratoire, métadonnées, gestion/qualité des données.

Aptitudes :

  • Rigueur, sens de l’organisation et exigence sur la qualité/pertinence des analyses et des résultats.
  • Esprit d’initiative et autonomie ; capacité à planifier/coordiner les différentes phases d’un protocole de recherche.
  • Esprit d’équipe et aisance en contexte collaboratif/consortium.
  • Capacité à synthétiser et communiquer les résultats (rapports rédigés, supports PowerPoint, présentations).
  • Capacité à encadrer et accompagner des étudiants/jeunes chercheurs.
  • Connaissance et application des règles d’hygiène, de biosécurité et de santé-sécurité pour la manipulation d’échantillons humains.

Spécificités du poste :

Travail sur tissus humains et matériel dérivé de patients : respect strict des exigences de biosécurité, de traçabilité et de conformité éthique (consentement, procédures institutionnelles, protection des données si applicable).

Flexibilité horaire : possibilité d’horaires non standards, y compris le week-end, en fonction de la disponibilité des échantillons patients et des contraintes liées aux cinétiques/points de mesure expérimentaux.

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Main activities :

  • Co-lead (with the PI) an integrated experimental program addressing barrier dysfunction and impaired regeneration in IBD and obesity: study design, prioritisation of hypotheses, execution, interpretation, and reporting.

  • Establish, culture, and maintain patient-derived human intestinal and colorectal organoids (healthy controls, IBD, obese patients), ensuring rigorous QC, traceability, and reproducibility across donors, lines, passages, and batches.

  • Develop and implement quantitative functional assays of epithelial regeneration and barrier function (e.g., wound repair, proliferation/differentiation dynamics, tight-junction organisation, permeability and/or TEER where applicable), with appropriate hierarchical experimental designs (donor/line/batch).

  • Perform functional genetic perturbations to interrogate candidate pathways (CRISPR/Cas9 editing; CRISPRi/a where relevant; gene delivery using viral and non-viral systems), including construct design, validation, and phenotypic readouts.

  • Integrate organoid models within the intestine-on-chip platform, contributing to microphysiological system setup and operation (seeding strategies, flow/shear and environmental control, sampling workflows) in close interaction with a PhD student and engineering partners, and adapting readouts for patient-specific phenotyping and intervention testing.

  • Acquire and analyse high-content 3D imaging data (confocal and light-sheet microscopy), including sample preparation/clearing when required, quantitative image analysis, and development/maintenance of robust analysis pipelines for structural and functional metrics.

  • Conduct multi-layer molecular and cellular profiling of tissues and organoids (histology/immunostaining, transcript/protein analyses, and single-cell approaches as implemented), and integrate profiles with functional phenotypes.

Associates activities :

  • Collaborate within the PEPR MED-OOC/ENVie consortium to integrate imaging, functional, and multi-omics data for patient stratification and mechanistic inference.

  • Ensure rigorous documentation and reproducibility (SOPs, electronic lab notebooks, metadata, QC reporting, data stewardship).

  • Present findings at internal meetings and international conferences.

  • Contribute substantially to manuscript preparation and (where relevant) grant deliverables.

  • Apply high standards of good scientific practice, biosafety, and compliance with institutional quality procedures for human samples (traceability, consent/ethics constraints, and data protection where applicable).

  • Mentor and support junior researchers/trainees as appropriate (e.g., PhD/MSc students).

Candidate profile and knowledge :

  • PhD in Cell Biology, Molecular Biology, Biomedical Sciences, Bioengineering, or a related field.

  • 2–3 years of postdoctoral experience demonstrating autonomy in experimental design, execution, and publication.

  • Strong expertise in epithelial biology, stem cells, regeneration, and/or gastrointestinal pathophysiology.

  • Demonstrated experience working with patient-derived material and/or human tissue handling constraints.

  • Proven expertise in genome editing and genetic perturbation approaches (CRISPR/Cas9; gene delivery).

  • Proficiency in advanced microscopy and quantitative 3D image analysis.

  • Documented experience with human intestinal/colorectal organoid culture (strongly preferred).

  • Background in transcriptomics/single-cell and/or bioinformatics is an asset.

  • Excellent analytical, organisational, and cross-disciplinary communication skills; ability to work independently and collaboratively.

Technical skills / Methodology :

  • Advanced human intestinal/colorectal organoid culture and QC (traceability, batch management, reproducibility).

  • Genome editing and functional genetics (CRISPR/Cas9; CRISPRi/a where relevant; viral/non-viral gene delivery).

  • High-resolution 3D imaging (confocal, light-sheet) and quantitative image analysis workflows.

  • Experience with barrier/regeneration functional assays and robust experimental design for nested/hierarchical datasets.

  • Track record of publications in peer-reviewed journals.

  • International experience is a plus.

  • Fluency in English (written and spoken).

  • Knowledge of hygiene, biosafety, and health-and-safety regulations for work with human samples.

Position-specific requirements / constraints :

  • Work with human tissues and patient-derived material (biosafety and ethical compliance required).

  • May require flexible/non-standard working hours, including weekends, depending on patient sample availability and experimental timepoints

How to apply :

Application deadline: March 11, 2026

Contact : audrey.ferrand@inserm.fr

Please submit (i) a CV and (ii) a cover letter, and provide contact details for at least two referees. Reference letters are not requested at the application stage.

Selection process :

Shortlisted candidates will be invited to a video interview during the second half of March. Finalists (2–3 candidates) will be proposed an on-site interview and lab visit during the last week of March, prior to the final decision.




Compétences recherchées

  • 2 à 3 ans d'expérience postdoctorale avec autonomie démontrée et prise en charge de projet
  • PhD en biologie cellulaire ou moléculaire
  • PhD en sciences biomédicales ou bio-ingénierie
  • Production scientifique attesté par publications
  • Anglais courant
  • Expérience internationale souhaitée


Éléments nécessaires pour postuler

Pour valider votre candidature, nous vous demandons de fournir les éléments suivants, vous devrez télécharger les pièces demandées directement lors de votre inscription.

Toute candidature incomplète ne sera pas traitée par nos services.

Document(s) :

  • Curriculum Vitæ
  • Lettre de motivation
  • Coordonnées de 2 référent-e-s


31000 Toulouse, Haute-Garonne, Occitanie